มหาวิทยาลัยยูนนานก่อตั้งขึ้นในปี ค.ศ. 1922 เริ่มแรกเป็นมหาวิทยลัยเอกชนชื่อว่า “มหาวิทยาลัยตงลู่” ต่อมาปี 1934 เปลี่ยนชื่อเป็น “มหาวิทยาลัยยูนนาน” และได้เปลี่ยนชื่ออีกครั้งเป็น “มหาวิทยาลัยยูนนานแห่งรัฐ” ในปี 1938 เป็นหนึ่งในมหาวิทยาลัยแบบสหวิทยาการที่ก่อตั้งแถบชายแดนภาคตะวันตกของจีน ทศวรรษ 1940 มหาวิทยาลัยยูนนานได้พัฒนาหลักสูตรที่ครอบคลุมอักษรศาสตร์ นิติศาสตร์ วิทยาศาสตร์ วิศวกรรมโยธา เกษตรศาสตร์ และแพทยศาสตร์ เป็นต้น นับเป็นมหาวิทยาลัยแห่งหนึ่งของจีนที่มีชื่อเสียงกว้างไกลในระดับสากล ปี 1946 สารานุกรมบริตานิกาได้จัดมหาวิทยาลัยยูนนานเป็นหนึ่งใน 15 มหาวิทยาลัยของจีนที่มีชื่อเสียงในระดับโลก
มหาวิทยาลัยยูนนานตั้งอยู่บนพื้นที่ 4551.84 โหม่ว (2.4 โหม่ว เท่ากับ 1 ไร่ไทย) พื้นที่ส่วนที่เป็นอาคารใช้สอยสาธารณะประโยชน์ มีพื้นที่ 1.32 ล้านตารางเมตร แบ่งออกเป็นสถาบันวิทยาลัย 17 แห่ง สถาบันวิจัย 10 แห่ง แผนกการเรียนการสอนรวม 1 แห่ง สถาบันนักศึกษาต่างชาติ 1 แห่ง หลายปีมานี้ มหาวิทยาลัยยูนนานได้ยกระดับคุณภาพสร้างความโดดเด่น โดยยึดมั่นการบริหารการศึกษาตามคติ “แสวงสัจธรรม แสวงสิ่งใหม่แสวงความเป็นเลิศ” ดำเนินการปฏิรูปอย่างลุ่มลึก เร่งรัดพัฒนาศักยภาพทุกด้าน และยกระดับทุกภาคส่วนของมหาวิทยาลัยให้ก้าวขึ้นสู่อีกระดับขั้น มหาวิทยาลัยยูนนานเป็นมหาวิทยาลัยที่มีความโดดเด่นเป็นพิเศษในด้านชาติพันธุ์วิทยา ชีววิทยา การบุกเบิกพัฒนาแหล่งทรัพยากรที่มีอัตลักษณ์และการอนุรักษ์สิ่งแวดล้อม ตลอดจนการวิจัยประเด็นปัญหาชายแดน ปัญหาทางสากลของเอเชียตะวันออกเฉียงใต้และเอเชียใต้มีความพร้อมในหลักสูตรสาขาวิชาอักษรศาสตร์ ประวัติศาสตร์ ปรัชญา เศรษฐศาสตร์ การบริหารจัดการ วิศวกรรมโยธา วิทยาศาสตรนิติศาสตร์ ศึกษาศาสตร์ แพทยศาสตร์ และเกษตรศาสตร์ เป็นต้น เป็นมหาวิทยาลัยแบบสหวิทยาการสำคัญของภาครัฐที่มีบุคลากรเพียบพร้อมรอบด้านมองไปในอนาคต มหาวิทยาลัยยูนนานยังคงยึดถือคติของมหาวิทยาลัยที่ว่า “ชุมนุมร้อยสำนัก เพื่อชาวประชาใต้โลกหล้า”ด้วยเป้าหมายที่ว่าพัฒนารวดเร็วเป็นเลิศ ยึดหลักการบริหารมหาวิทยาลัยด้วยหลักนิติธรรม ตั้งมั่นด้วยจริยธรรม สร้างความเจริญด้วยวิชาการ สร้างความแข็งแกร่งด้วยบุคลากร สืบเสาะแสวงหาแนวทางก้าวสู่ความเป็นมหาวิทยาลัยสมัยใหม่มุ่งเน้นยกระดับคุณภาพการเรียนการสอน ยกระดับวิชาการและประสิทธิผลของความเป็นสถาบันการศึกษา ก้าวเข้าสู่สถาบันอุดมศึกษาแบบสหวิทยาการที่มีคุณภาพสูงในภูมิภาค แข็งแกร่งระดับชาติ ด้วยเจตนารมณ์มุ่งมั่นสู่ “ความเป็นหนึ่งของภาคตะวันตก เป็นแนวหน้าในระดับประเทศ มีชื่อเสียงในระดับสากล”